Trong bối cảnh Việt Nam đang thu hút mạnh mẽ vốn đầu tư nước ngoài (FDI), các doanh nghiệp chế xuất (DNCX) đóng vai trò then chốt trong chuỗi cung ứng toàn cầu. Tuy nhiên, các quy định về thủ tục hải quan đối với loại hình doanh nghiệp này thường khá phức tạp, đặc biệt là các giao dịch nội bộ giữa hai DNCX với nhau. Việc nắm vững quy định không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn tối ưu hóa quy trình vận hành và chi phí logistics.

1. Khung pháp lý điều chỉnh hoạt động của doanh nghiệp chế xuất

Để hiểu rõ về thủ tục hải quan, trước tiên cần xác định rõ địa vị pháp lý của DNCX. Theo quy định tại Nghị định 35/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất là doanh nghiệp chuyên sản xuất hàng xuất khẩu, thực hiện dịch vụ cho sản xuất hàng xuất khẩu và hoạt động xuất khẩu, được thành lập và hoạt động trong khu chế xuất hoặc khu công nghiệp, khu kinh tế.

Về mặt thuế quan, DNCX được áp dụng quy định dành cho khu phi thuế quan. Điều này đồng nghĩa với việc quan hệ mua bán hàng hóa giữa DNCX với thị trường nội địa là quan hệ xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, khi hai DNCX giao dịch với nhau, quy định có những điểm đặc thù riêng biệt nhằm tạo điều kiện thuận lợi nhất cho sản xuất.

Cơ sở pháp lý quan trọng nhất hiện nay bao gồm:

• Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.
• Nghị định 08/2015/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP).
• Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính.

2. Giao dịch giữa hai doanh nghiệp chế xuất có phải làm thủ tục hải quan?

Đây là câu hỏi mà nhiều kế toán và nhân viên xuất nhập khẩu thường gặp phải. Theo hướng dẫn mới nhất từ Tổng cục Hải quan dựa trên Khoản 2 Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC (đã được sửa đổi tại khoản 51 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC), quy định cụ thể như sau:

Đối với hàng hóa mua bán giữa các DNCX với nhau, doanh nghiệp có quyền lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan.

Trường hợp 1: Lựa chọn thực hiện thủ tục hải quan

Nếu doanh nghiệp quyết định mở tờ khai, quy trình sẽ thực hiện theo thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ. Điều này thường được áp dụng khi doanh nghiệp muốn minh bạch hóa hồ sơ cho việc hoàn thuế hoặc kiểm tra sau thông quan một cách bài bản nhất.

Trường hợp 2: Lựa chọn KHÔNG thực hiện thủ tục hải quan

DNCX không phải làm thủ tục hải quan khi mua bán hàng hóa với nhau nếu hàng hóa đó là:

• Vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng từ nội địa để phục vụ điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân viên.
• Hàng hóa luân chuyển nội bộ trong cùng một tập đoàn, hệ thống nhưng phải đảm bảo các điều kiện kiểm soát của cơ quan hải quan.

Lưu ý quan trọng: Dù không làm thủ tục hải quan, DNCX vẫn phải lưu giữ hóa đơn, chứng từ và sổ sách kế toán chi tiết để giải trình về nguồn gốc và mục đích sử dụng hàng hóa khi cơ quan chức năng kiểm tra.

3. So sánh các hình thức giao dịch phổ biến của DNCX

Việc nhận diện đúng loại hình giao dịch giúp doanh nghiệp xác định chính xác nghĩa vụ thuế và thủ tục cần thiết.

4. Những rủi ro pháp lý và lưu ý về quản trị cho DNCX

Dù quy định cho phép lựa chọn, nhưng việc thiếu nhất quán trong quản lý chứng từ có thể dẫn đến những hệ lụy nghiêm trọng khi quyết toán thuế hoặc kiểm tra sau thông quan (KTSTQ).

1. Quản lý định mức nguyên vật liệu: Đây là vấn đề cốt tử của DNCX. Khi mua hàng từ một DNCX khác mà không mở tờ khai, doanh nghiệp cần có cơ chế theo dõi riêng biệt để đảm bảo khi sản xuất thành phẩm xuất khẩu, lượng nguyên liệu này được giải trình minh bạch.

2. Hóa đơn và thanh toán: Các giao dịch giữa hai DNCX phải sử dụng hóa đơn theo quy định và thực hiện thanh toán qua ngân hàng để đảm bảo tính hợp pháp của chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

3. Sự thay đổi chính sách: Pháp luật về hải quan và thuế tại Việt Nam thường xuyên cập nhật. Doanh nghiệp cần một đơn vị tư vấn chuyên nghiệp để cập nhật kịp thời các văn bản hướng dẫn từ Tổng cục Hải quan, tránh tình trạng áp dụng quy định cũ gây sai sót.

*Nguồn nội dung tham khảo: Báo Chính Phủ